Dopo la caduta della Repubblica di Venezia il monastero di Sant'Elena ricadde nel primo decreto di soppressione, che chiudeva i conventi con un numero di monaci insufficiente.
Tutti i beni del monastero e della chiesa vennero catalogati, alcuni quadri considerati preziosi trasportati nei musei pubblici che stavano nascendo, cioè le Gallerie dell'Accademia e la pinacoteca di Brera, gli altri venduti o, qualora di valore scarso, distrutti.
Il danno è incalcolabile, perché vide l'alienazione di un numero enorme di manoscritti e libri a stampa antichi, di quadri, la distruzione dei monumenti contenuti. Ma in più la produzione di gallette già attiva nell'isola attirò l'attenzione della Marina che chiese ed ottenne l'intero complesso, adibendolo a produzione industriale di biscotto.
La chiesa fu divisa orizzontalmente da un solaio sospeso su colonne: la parte inferiore servì ad ospitare mulini, quella superiore come granaio. Il campanile venne abbattuto. Nelle vicende che portarono la città di Venezia prima sotto l'Austria, poi all'Italia, l'isola venne abbandonata al degrado e servì al più per qualche coltivazione.
Verso il 1880 la "Società Veneta per Imprese e Costruzioni Pubbliche" ottenne in uso gran parte dell'isola con l'intenzione di realizzarvi fabbriche di materiale ferroviario. L'impresa non ebbe successo, ma diede il via a una serie di espansioni dell'isola e interramenti che all'inizio del 1900 arrivarono a congiungerla alla città.
Nel frattempo i resti della chiesa e del monastero erano salvaguardati dal Comune di Venezia, che rimaneva proprietario dei luoghi, e fortunatamente non permise l'abbattimento definito.
L'impressionante immagine dei primi anni del 1900 mostra la chiesa di Sant'Elena mutila del monumento a Vittore Cappello e con vistose alterazioni della facciata. Il gioiello gotico lagunare era quasi scomparso.
La situazione cambiò improvvisamente quando il Comune di Venezia, ottenuta la proprietà dell'intera bonifica, oltre all'isola, iniziò la costruzione del nuovo quartiere.
Il Patriarca La Fontaine, visto il nuovo insediamento, chiese il ripristino dell'antica chiesa per usarla come nuova parrocchiale.
I lavori di restauro si svolsero fra il 1928 e il 1930. Solo nel 1942 tornò al suo posto il monumento della facciata. Nel 1958 il nuovo campanile venne realizzato, su progetto dell'ing. Forlati, e benedetto dal patriarca Roncalli, che in seguito sarebbe divenuto papa Giovanni XXIII.
